生殖器皰疹可引起胎兒感染和新生兒皰疹。在愛滋病流行地區，生殖器皰疹增加了HIV感染的危險性，女性生殖器皰疹還與宮頸癌的發生密切相關。生殖器皰疹患者和無症狀的病毒攜帶者是主要的傳染源，當原發性生殖器皰疹的皮損消退後，殘留的病毒長期潛存於骶神經節，當機體抵抗力降低，或某些誘發因素作用下使潛存病毒激活而復發。由於皰疹反覆發作，部分患者可發生抑鬱症。
首先要正確認識皰疹的危害性，其實皰疹對機體的危害很小，根本就沒有必要憂腸掛肚，大家都知道，皰疹長在嘴巴上，老百姓叫「起火氣」，「上火了」，不去管它，自己就好了，同樣是皰疹，為什麼長在命根子就這麼怕它呢？正確面對，不怕復發，心態好了，皰疹就與您漸行漸遠，逃之夭夭，甚至多年不復發。
皰疹中醫可根治(疱疹)認為生殖器皰疹屬「熱瘡」、「陰瘡」和「陰疳」範圍。發病原因是交媾不潔，外感淫穢濕熱之毒，下注外陰和下焦經絡，熱腐皮膚，卒成熱皰。病在下焦，與肝脾腎關係密切。反覆發作者為濕熱穢毒蘊於陰部，日久耗氣傷陰，正氣虧耗，脾虛濕戀，淫穢之邪纏綿難去，遇勞遇熱則發，病情經久不愈。早期屬熱證、實證，清熱利濕解毒為治療大法；後期則伴有肝腎不足，氣陰兩傷，多採用補益肝腎，益氣養陰佐以清熱利濕解毒之法。臨床主要分三型論治。